根据美国国防部发布的联合声明，两国同意在军事现代化和非对称能力发展方面开展合作。双方将共同研发新一代防务技术，涵盖水下与自主系统，并协同推进非对称能力的联合开发与维护。此外，印度尼西亚和美国承诺大幅扩大特种部队联合训练演习，作为相互信任的象征，强化印太地区的威慑，并重申其通过实力维护和平的承诺。
然而，印度尼西亚在敏感军事议题上仍保持谨慎立场。尽管美国提出允许美国军用飞机通过印尼领空享有全面的飞越权利，印度尼西亚却拒绝了该提议。据路透社和《雅加达环球报》报道，印度尼西亚外交部向国防部发出一封信，警告称，给予“全面”飞越权利可能会使印度尼西亚陷入南中国海争端，并敦促政府推迟任何协议。印度尼西亚国防部强调，该事项正在接受政府的审慎审查，且不具有约束力；值得注意的是，最终敲定的MDCP协议中并未明确包含“全面飞越权利”。
同一天，印度尼西亚国防部长访问五角大楼以升级防务关系；总统普拉博沃·苏比安托（Prabowo Subianto）会见俄罗斯总统弗拉基米尔·普京（Vladimir Putin），强调印度尼西亚将继续维持其不结盟的外交政策立场。根据外交分析人士的说法，尽管印度尼西亚正在扩大与美国的防务合作，但放弃其不结盟外交立场的可能性仍然较低。